La Zona Franca de Santander está protegida por fuertes medidas de seguridad. El acceso a la misma está restringido mediante acreditación.

El perímetro se encuentra vallado y está custodiado por las Fuerzas y Cuerpos de Seguridad del Estado, Guardia Civil y Policía Portuaria.

Además estas fuertes medidas están reforzadas por vigilancia privada y sistemas de alarma y CCTV.