La Zona Franca de Santander, desde el punto de vista de antecedentes históricos, surge como la evolución natural del antiguo Depósito Franco de Santander adaptándose a los nuevos tiempos y mercados emergentes. Éste fue fundado por Decreto de 11 de agosto de 1918, como instrumento facilitador del comercio internacional. Era parte del territorio aduanero comunitario separado del resto del mismo, en el que se podían introducir toda clase de mercancías, cualquiera que fuese la cantidad, naturaleza, origen, procedencia o destino, sin perjuicio de las prohibiciones o restricciones que podían establecerse por razones de orden público, moralidad y seguridad pública, protección de la salud, etc .

Dichas mercancías podían permanecer por tiempo ilimitado hasta que el operador económico quisiera darle otro destino definitivo (régimen aduanero, reexportación abandono, etc.), no estando sometidas durante su estancia en el Depósito franco a derechos de importación, gravámenes interiores ni medidas de política comercial.

En virtud de la orden HAP/449/2016, de 30 de marzo, se autorizó la constitución de la actual Zona Franca de Santander, revocando así la concesión del Depósito Franco de Santander.

Aparte de las posibilidades que ofrecía el Depósito Franco de Santander: servicios de almacenaje, manipulación, mantenimiento de mercancías, cargas, descargas, consolidación, desconsolidación , clasificación o, en general, sencillas manipulaciones usuales, en una zona o Depósito Franco podían introducirse cualquier clase de mercancía directamente y, como regla general, con una gran libertad de formalidades aduaneras, salvo en determinados casos.

Con esta nueva conversión a Zona Franca no sólo se mantienen estas ventajas sino que se ven aumentadas con unas perspectivas de futuro muy halagüeñas.